ตามที่บัญญัติในกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ สำนักนายกรัฐมนตรี พ.ศ. 2562 ที่ระบุในข้อที่ 2 ดังต่อไปนี้
ให้สำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ มีภารกิจเกี่ยวกับการเสนอแนะนโยบาย จัดทำแผนแม่บท กำหนดมาตรการเกี่ยวกับการบริหารทรัพยากรน้ำของประเทศและขับเคลื่อนไปสู่การปฏิบัติ จัดทำผังน้ำ บูรณาการเชื่อมโยงข้อมูลสารสนเทศทรัพยากรน้ำ แผนงาน โครงการ งบประมาณ ประสานความร่วมมือด้านต่างประเทศเกี่ยวกับทรัพยากรน้ำ และติดตามประเมินผลการบริหารทรัพยากรน้ำ โดยให้มีหน้าที่และอำนาจดังต่อไปนี้
(๑) รับผิดชอบงานธุรการของ กนช. คณะกรรมการลุ่มน้ำ และคณะอนุกรรมการที่เกี่ยวข้อง
(๒) กลั่นกรองและเสนอความเห็นต่อ กนช. ในการจัดทำนโยบายและแผนแม่บทเกี่ยวกับการบริหารทรัพยากรน้ำ การให้ความเห็นชอบแผนปฏิบัติการ แผนงบประมาณการบริหารทรัพยากรน้ำแบบบูรณาการ และแผนแม่บทการใช้ การพัฒนา การบริหารจัดการ การบำรุงรักษา การฟื้นฟู และการอนุรักษ์ทรัพยากรน้ำในเขตลุ่มน้ำต่าง ๆ
(๓) จัดทำผังน้ำเสนอ กนช. เพื่อพิจารณาให้ความเห็นชอบ
(๔) ประสานการดำเนินงานกับคณะกรรมการลุ่มน้ำ หน่วยงานของรัฐ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และภาคส่วนต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องเพื่อปฏิบัติการตามกฎหมายว่าด้วยทรัพยากรน้ำ
(๕) รวบรวมและจัดเตรียมข้อมูล ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และริเริ่มกิจกรรมหรือโครงการใดๆ เพื่อประโยชน์ในการดำเนินงานของ กนช.
(๖) ให้คำแนะนำและสนับสนุนหน่วยงานของรัฐและองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่เกี่ยวข้องกับการบริหารทรัพยากรน้ำ รวมทั้งการดำเนินงานของคณะกรรมการลุ่มน้ำตามที่ได้รับการร้องขอ
(๗) อำนวยการและกำกับดูแลโครงการสำคัญระดับชาติหรือโครงการเร่งด่วนเกี่ยวกับการบริหารทรัพยากรน้ำที่จำเป็นต้องมีการประสานการทำงานหลายหน่วยงาน
(๘) ติดตาม ประเมินผล และเสนอความเห็นเกี่ยวกับการดำเนินงานของคณะกรรมการลุ่มน้ำ หน่วยงานของรัฐ และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่เกี่ยวข้องกับการบริหารทรัพยากรน้ำ และรายงานต่อ กนช.
(๙) กำกับดูแลและบริหารจัดการระบบสารสนเทศทรัพยากรน้ำทั้งในภาวะปกติและภาวะวิกฤติ
(๑๐) ส่งเสริมและสนับสนุนให้ภาคเอกชน ประชาชน และชุมชนที่เกี่ยวข้องมีส่วนร่วมในด้านการใช้ การพัฒนา การบริหารจัดการ การบำรุงรักษา การฟื้นฟู การอนุรักษ์ และการดำเนินการอื่นใดเกี่ยวกับทรัพยากรน้ำ
(๑๑) เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งศูนย์บัญชาการเฉพาะกิจ
(๑๒) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นหน้าที่และอำนาจของสำนักงานหรือตามที่นายกรัฐมนตรีหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย