คณะอนุกรรมการด้านการพัฒนาและอนุรักษ์ทรัพยากรน้ำ ปัจจุบันมีจำนวน 4 คณะ
- คณะที่ 1 คณะอนุกรรมการขับเคลื่อนแผนแม่บทการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ
(คำสั่ง กนช. ที่ 5/2562 ลงวันที่ 6 กันยายน 2562) - คณะที่ 2 คณะอนุกรรมการขับเคลื่อนโครงการขนาดใหญ่และโครงการสำคัญ
(คำสั่ง กนช. ที่ 5/2562 ลงวันที่ 6 กันยายน 2562)
– เพิ่มเติมองค์ประกอบคณะอนุกรรมการขับเคลื่อนโครงการขนาดใหญ่และโครงการสำคัญ
(คำสั่ง กนช. ที่ 1/2563 ลงวันที่ 23 มกราคม 2563)
– แก้ไขเพิ่มเติมในคำสั่งคณะอนุกรรมการขับเคลื่อนโครงการขนาดใหญ่และโครงการสำคัญ
(คำสั่ง กนช. ที่ 92/2563 ลงวันที่ 18 ตุลาคม 2563) - คณะที่ 3 คณะอนุกรรมการขับเคลื่อนโครงการขนาดเล็ก
(คำสั่ง กนช. ที่ 2/2563 ลงวันที่ 14 มีนาคม 2563) - คณะที่ 4 คณะอนุกรรมการบริหาร พัฒนา อนุรักษ์ ฟื้นฟูแหล่งน้ำธรรมชาติและแม่น้ำลำคลอง
(คำสั่ง กนช. ที่ 88/2563 ลงวันที่ 18 ตุลาคม 2563) - คำสั่ง แต่งตั้งที่ปรึกษาปฏิบัติหน้าที่ในการพัฒนา อนุรักษ์ และฟื้นฟูบึงบอระเพ็ด จังหวัดนครสวรรค์ (คำสั่ง กนช. ที่ 2/2564 ลงวันที่ 10 มกราคม 2564)
- คณะที่ 5 คณะอนุกรรมการบริหาร พัฒนา อนุรักษ์ และฟื้นฟูคลองแสนแสบ
(คำสั่ง กนช. ที่ 1/2564 ลงวันที่ 24 มกราคม 2564)
คณะอนุกรรมการด้านการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ ปัจจุบันมีจำนวน 2 คณะ
- คณะที่ 1 คณะอนุกรรมการอำนวยการด้านการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ
(คำสั่ง กนช.ที่ 3/2562 ลงวันที่ 23 สิงหาคม 2562) - คณะที่ 2 คณะอนุกรรมการพิจารณา กลั่นกรองกฎหมายด้านการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ
(คำสั่ง กนช.ที่ 3/2562 ลงวันที่ 23 สิงหาคม 2562)
คณะอนุกรรมการด้านเทคนิคและวิชาการ ปัจจุบันมีจำนวน 2 คณะ
- คณะที่ 1 คณะอนุกรรมการจัดทำหลักเกณฑ์และมาตรฐานการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ
(คำสั่ง กนช.ที่ 4/2562 ลงวันที่ 23 สิงหาคม 2562) - คณะที่ 2 คณะอนุกรรมการพัฒนาเทคโนโลยี นวัตกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ และผังน้ำ
(คำสั่ง กนช.ที่ 4/2562 ลงวันที่ 23 สิงหาคม 2562)
คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจ ปัจจุบันมีจำนวน 3 คณะ
- คณะที่ 1 คณะอนุกรรมการจัดทำร่างข้อเสนอนโยบาย เพื่อกำหนดขอบเขต บทบาท ภารกิจ หน้าที่ และอำนาจของหน่วยงานด้านการบริหารทรัพยากรน้ำของประเทศ
(คำสั่ง กนช.ที่ 81/2563 ลงวันที่ 26 กรกฎาคม 2563) - คณะที่ 2 คณะอนุกรรมการกำหนดรูปแบบและแนวทางการใช้พื้นที่ลุ่มต่ำ เป็นพื้นที่รับน้ำนอง
(คำสั่ง กนช.ที่ 82/2563 ลงวันที่ 26 กรกฎาคม 2563) - คณะที่ 3 คณะอนุกรรมการบริหารจัดการน้ำในเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก (EEC)
(คำสั่ง กนช.ที่ 83/2563 ลงวันที่ 26 กรกฎาคม 2563)
คณะอนุกรรมการที่แต่งตั้งเพิ่มเติม ปัจจุบันมีจำนวน 4 คณะ
- คณะที่ 1 คณะอนุกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำรายภาค ในพื้นที่ภาคเหนือ
(คำสั่ง กนช. ที่ 84/2563 ลงวันที่ 27 สิงหาคม 2563)
– การปรับปรุงหน้าที่และอำนาจในคำสั่งคณะอนุกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำรายภาค ในพื้นที่ภาคเหนือ
(คำสั่ง กนช. ที่ 3/2564 ลงวันที่ 28 มกราคม 2564) - คณะที่ 2 คณะอนุกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำรายภาค ในพื้นที่ภาคกลาง
(คำสั่ง กนช. ที่ 85/2563 ลงวันที่ 27 สิงหาคม 2563)
– การปรับปรุงหน้าที่และอำนาจในคำสั่งคณะอนุกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำรายภาค ในพื้นที่ภาคกลาง
(คำสั่ง กนช. ที่ 4/2564 ลงวันที่ 28 มกราคม 2564) - คณะที่ 3 คณะอนุกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำรายภาค ในพื้นที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
(คำสั่ง กนช. ที่ 86/2563 ลงวันที่ 27 สิงหาคม 2563)
– การปรับปรุงหน้าที่และอำนาจในคำสั่งคณะอนุกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำรายภาค ในพื้นที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
(คำสั่ง กนช. ที่ 5/2564 ลงวันที่ 28 มกราคม 2564) - คณะที่ 4 คณะอนุกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำรายภาค ในพื้นที่ภาคใต้
(คำสั่ง กนช. ที่ 87/2563 ลงวันที่ 27 สิงหาคม 2563)
– การปรับปรุงหน้าที่และอำนาจในคำสั่งคณะอนุกรรมการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำรายภาค ในพื้นที่ภาคใต้
(คำสั่ง กนช. ที่ 6/2564 ลงวันที่ 28 มกราคม 2564)